Comprendre la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes par approche métagénomique

• Savoir extraire l'information de données NGS métagénomiques
• Comprendre la diversité taxonomique et fonctionnelle de microbiotes d'intérêt
• Savoir conduire une analyse statistique afin d'estimer la richesse de la biodiversité

Métiers ayant des bases en biologie : Biologistes, biostatisticiens, chargés de projets de tous secteurs.

Il est recommandé d'avoir des connaissances en bash et R.

1. INTRODUCTION

• Rappels des concepts de séquençages NGS
• Approche ciblée vs approche globale : métagénomique ciblée, métagénomique des génomes complets, métatranscriptomique
• Présentation des limites et des avantages

2. MÉTAGÉNOMIQUE CIBLÉE

• Savoir planifier son expérience NGS / Cibler les régions d'intérêt
• Principes d'une analyse bioinformatique de données 16S et ITS
• Exemples de pipeline d'analyse et bases de données de référence
• Contrôles qualité
• Comprendre la diversité taxonomique : profils et tables d'abondance

3. MÉTAGÉNOMIQUE SHOTGUN

• Principes d'une analyse bioinformatique de données de type shotgun
• Exemples de pipeline d'analyse et bases de données de référence
• Contrôles qualité
• Classifications fonctionnelles
• Visualisations

4. ESTIMATION DE LA RICHESSE DE LA BIODIVERSITÉ

• Mesure de la biodiversité d'un ou plusieurs échantillons (Alpha diversité).
• Mesure de la diversité des espèces entre les échantillons (Beta diversité)
• Analyse des tables d'abondance : Normalisations et visualisations, analyse différentielle des taxons

•  Partage et discussion autour d'exemples d'application

•  Alternance d'exposés, de discussions avec le formateur et entre participants.

•  Exemples de manipulation sur des cas types

•  Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)

•  Remise des supports pédagogiques

•  Vidéo projection du support PowerPoint.

• Evaluation de début et fin de formation.
• Evaluation de la satisfaction en fin de formation.