Analyse génomique microbienne
Dernière mise à jour : 28/02/2025
Description
Domaine : COSMETIQUES SANTE, BIOTECH, AGROALIMENTAIRE, ENVIRONNEMENT
Objectifs de la formation
- Savoir analyser un séquençage NGS microbien.
- Être autonome dans l'annotation d'un génome bactérien.
- Comprendre les différences observées entre plusieurs génomes
Public visé
Métiers ayant des bases en biologie : Biologistes, biostatisticiens, chargés de projets de tous secteurs.
Il est recommandé d'avoir des connaissances en bash et R.
Prérequis
Programme
1. RAPPEL DES CONCEPTS SUR LA BIOLOGIE DU NGS
- Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)
- Profondeur de séquençage vs. nombre d'échantillons pour la reproductibilité de l'analyse
- Les différentes molécules séquencées et leur intérêt
2. CHOISIR LA BONNE MÉTHODE D'ASSEMBLAGE
- Mapping vs. assemblage de novo
- Quels sont les meilleurs outils pour l'analyse de bactéries
- Détection des variations par rapport à un génome de référence
3. TRAITEMENTS DES DONNÉES DE SÉQUENÇAGE
- Contrôle qualité
- Filtre des reads
4. ANNOTATION DE GÉNOMES BACTÉRIENS ET VIRAUX
- Annotation structurale et recherche de gènes
- Analyse fonctionnelle : annotation protéique, prédiction de motifs, recherche de domaines, classifications fonctionnelles
- Recherche de résistance et de virulence
- Reconstruction métabolique
- Standards des fichiers d'annotations
5. GÉNOMIQUE COMPARATIVE
- Alignement de séquences
- Détection de polymorphismes / Analyse de variants
- Phylogénie : choix du groupe externe, recherche des séquences homologues, théorie sur l'analyse phylogénétique, analyse phylogénétique des échantillons
Modalités pédagogiques
• Partage et discussion autour d'exemples d'application
• Alternance d'exposés, de discussions avec le formateur et entre participants.
• Exemples de manipulation sur des cas types
• Utilisation de méthodes et pipelines publics (bash)
• Remise des supports pédagogiques
• Vidéo projection du support PowerPoint.
Modalités d'évaluation et de suivi
- Evaluation de début et fin de formation.
- Evaluation de la satisfaction en fin de formation.
Infos complémentaires
M'inscrire à la formation
- Catégorie : OMICs
- Durée : 14h
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Prix : 1 290 € HTPrix INTRA : Nous consulter
- Référence : MDO3
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