Analyse génomique microbienne

• Savoir analyser un séquençage NGS microbien.
• Être autonome dans l'annotation d'un génome bactérien.
• Comprendre les différences observées entre plusieurs génomes

Métiers ayant des bases en biologie : Biologistes, biostatisticiens, chargés de projets de tous secteurs.

Il est recommandé d'avoir des connaissances en bash et R.

1. RAPPEL DES CONCEPTS SUR LA BIOLOGIE DU NGS

• Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)
• Profondeur de séquençage vs. nombre d'échantillons pour la reproductibilité de l'analyse
• Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

2. CHOISIR LA BONNE MÉTHODE D'ASSEMBLAGE

• Mapping vs. assemblage de novo
• Quels sont les meilleurs outils pour l'analyse de bactéries
• Détection des variations par rapport à un génome de référence

3. TRAITEMENTS DES DONNÉES DE SÉQUENÇAGE

• Contrôle qualité
• Filtre des reads

4. ANNOTATION DE GÉNOMES BACTÉRIENS ET VIRAUX

• Annotation structurale et recherche de gènes
• Analyse fonctionnelle : annotation protéique, prédiction de motifs, recherche de domaines, classifications fonctionnelles
• Recherche de résistance et de virulence
• Reconstruction métabolique
• Standards des fichiers d'annotations

5. GÉNOMIQUE COMPARATIVE

• Alignement de séquences
• Détection de polymorphismes / Analyse de variants
• Phylogénie : choix du groupe externe, recherche des séquences homologues, théorie sur l'analyse phylogénétique, analyse phylogénétique des échantillons

•  Partage et discussion autour d'exemples d'application

•  Alternance d'exposés, de discussions avec le formateur et entre participants.

•  Exemples de manipulation sur des cas types

•  Utilisation de méthodes et pipelines publics (bash)

•  Remise des supports pédagogiques

•  Vidéo projection du support PowerPoint.

• Evaluation de début et fin de formation.
• Evaluation de la satisfaction en fin de formation.