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Analyse de données RNA-SEQ Mixte : présentiel / à distance

Dernière mise à jour : 30/04/2025

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Description

Cette formation « Analyse de données RNA-seq » a pour objectif de vous former sur l'utilisation d'outils indispensables pour l'analyse de données brutes, la détermination de gènes différentiellement exprimés entre deux groupes ainsi que l'analyse fonctionnelle des résultats. Cette formation « analyse de données RNA-seq » s'adresse aux professionnels en biotechnologie souhaitant approfondir leurs connaissances sur l'analyse de données RNA-seq.

Domaine : COSMETIQUES SANTE, BIOTECH, AGROALIMENTAIRE, ENVIRONNEMENT

Objectifs de la formation

  • Savoir analyser des données de RNA-seq
  • Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés
  • Savoir contextualiser les résultats d'expression

Public visé

Métiers ayant des bases en biologie : Biologistes, biostatisticiens, chargés de projets de tous secteurs.

Il est recommandé d'avoir des connaissances en bash et R.

Prérequis

Aucun

Programme

1. RAPPEL DES CONCEPTS SUR LA BIOLOGIE DU NGS

Les différents types de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération, paired ou single-end)

Profondeur de séquençage vs. nombre d'échantillons pour la reproductibilité de l'analyse

Les différentes molécules séquencées et leur intérêt

 

2. DU FASTQ À LA MATRICE D'EXPRESSION

Choix du génome de référence

Contrôles qualité des sorties de séquençage

Alignement et étapes indispensables post-alignement

Contrôles qualité post-alignement

Comptage des lectures et transformations

 

3. L'ANALYSE D'EXPRESSION DIFFÉRENTIELLE

Prétraitement des données

Visualisation des données (ACP, PLS-DA, heatmap)

Modélisation statistique et définition de la signature de gènes différentiellement exprimés

 

4. L'ANALYSE FONCTIONNELLE DES RÉSULTATS

Qu'est-ce qu'une signature d'expression ?

Les bases de données de référence

Méthodes et données d'entrée

Fisher exact test

Gene set enrichment analysis

Single Sample Signature score

Modalités pédagogiques

•  Partage et discussion autour d'exemples d'application

•  Alternance d'exposés, de discussions avec le formateur et entre participants.

•  Exemples de manipulation sur des cas types

•  Utilisation de méthodes et pipelines publics (langages R et bash)

•  Remise des supports pédagogiques

•  Vidéo projection du support PowerPoint.

Modalités d'évaluation et de suivi

  • Evaluation de début et fin de formation.
  • Evaluation de la satisfaction en fin de formation.

Infos complémentaires

Connaissances en bash et R recommandées

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Toutes nos formations peuvent être accessibles aux personnes en situation de handicap. Chaque situation étant unique, nous demandons à nos clients de bien vouloir préciser le handicap lors de la sollicitation. Ceci afin de pouvoir vous confirmer l'ensemble des possibilités d'accueil et permettre au participant de suivre la formation dans les meilleures conditions.

Pour toutes informations complémentaires nous conseillons les structures suivantes AGEFIPH (www.agefiph.fr), FIPHFP(www.fiphfp.fr). Nous tenons également une liste de partenaires mobilisables le cas échéant.

All our training sessions are accessible to individuals with disabilities. As each situation is unique, we kindly ask our clients to specify the disability when making inquiries. This allows us to confirm all possible accommodations and enables participants to undergo training under the best conditions.

For further information, we recommend the following organizations: AGEFIPH (www.agefiph.fr), FIPHFP (www.fiphfp.fr). We also maintain a list of partners who can be mobilized if necessary.

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